Le département Santé est l’un des départements que l’UNIPROBA a pensé mettre en place quand elle a été agréée. C’était pour résoudre certains problèmes dont la sensibilisation des Batwa au recours aux soins de santé dans des centres connus, et d’abandonner certaines coutumes qui semblent empêcher la communauté de se multiplier. En effet, il est tout a fait remarquable que la population Batwa n’évolue pas en nombre, malgré les nombreuses naissances.

La non évolution en nombre de cette communauté n’est pas seulement due aux coutumes (endogamie), mais également a la pauvreté extrême qui fait que de nombreuses familles ne se fassent pas soigner par manque de moyens financiers. Des enfants naissent en grand nombre, mais très peu grandissent par suite de maladies qui auraient pu être guéries si les parents pouvaient faire recours aux soins médicaux ou aux consultations de médecins expérimentés.

Le problème de logement est aussi l’un des problèmes importants qu’il fallait intégrer dans son programme, parce que le logement est parmi les besoins les plus essentiels auquel il faut prêter attention.

Le Département organise aussi des séminaires de sensibilisation sur la lutte contre les différentes maladies sexuellement transmissibles en l’occurrence le VIH/SIDA; cette sensibilisation visait aussi à montrer aux Batwa l’intérêt de recourir aux soins de santé (intérêt de la consultation prénatale, postnatale, quand on est malade ou pour prévenir certaines maladies) surtout pour les femmes anceintes et les enfants.

En date du 07 au 09 juin 2010, l'UNIPROBA en collaboration avec RBP+ a organisé au Centre multifonctionnel de Gitega un séminaire-atelier sur la lutte contre le VIH SIDA. Les participants à ce séminaire étaient des leaders des communautés batwa des provinces Gitega, Muramvya et Karusi.

Il se charge aussi de traiter les questions de cas d'urgence (accidents) et des frais d’hospitalisation des Batwa qui ne pouvent pas sortir des centres d’hospitalisation parce qu’ils n’avaient pas de quoi payer les services médicaux.